Тъканна банка – БУЛГЕН АД е акционерно дружество с едностепенна система на управление.
Управлението на БУЛГЕН представлява обособен процес на управленски решения свързани със стратегическото и оперативно управление на търговското дружество и дейността, анализи, изготвяне на вътрешни разпоредби (процедури, инструкции, протоколи, длъжностни характеристики и др.) и контрол върху спазването им. Управлението на БУЛГЕН се осъществява от Общото събрание, Съвет на директорите състоящ се от шест члена в това число Изпълнителен директор и Прокурист. Цялостното управление на дейността се осъществява съгласно устава на дружеството.
Съвета на директорите осъществява контролни функции по отношение на оперативното ръководство на дейността в лицето на Изпълнителния директор и Прокуриста.
Управлението на медицинската дейност в БУЛГЕН представлява обособен процес на управленски решения, анализ на медицинската дейност, изготвяне на вътрешни разпоредби (процедури, инструкции, протоколи, длъжностни характеристики и др.) и контрол върху спазването им. То се извършва от правоспособен лекар с призната специалност и допълнителна квалификация по Здравен мениджмънт в съотвествие със Закона за лечебните заведения. Управлението на тъканната банка е обособено в длъжността Изпълнителен директор. Изпълнителния директор е член на съвета на директорите.
Управлението на търговските, финансовите, трудово-правните и други дейности, не касаещи пряко медицинската дейност се осъществява от Прокурист по ред установен в устава на търговското дружество, Търговсия закон и договора за прокура.